Rokowanie w glejaku zależy od rodzaju guza – określenie cech molekularnych tkanki nowotworowej ułatwia postawienie precyzyjnej diagnozy, a co za tym idzie także określenie rokowania.

Najlepiej rokują guzy ograniczone, gorzej guzy rozlane.
Wśród guzów rozlanych, wpływ na rokowanie ma wiele czynników. Najgorsze rokowania mają rozlane glejaki linii środkowej (IDH – typ dziki (wildtype), z mutacją H3k27M), gdzie średnia przeżycia to zaledwie około jednego roku.
Glejak IV stopnia złośliwości, bez mutacji H3k27M wykazuje lepsze prognozy – w zależności od specyfiki molekularnej średnia przeżycia sięga 2-6-ciu lat (dla guzów z mutacją IDH) oraz 1-3 lat bez tej mutacji (IDH-wildtype).
Skąpodrzewiaki – guzy rozlane II i III stopnia złośliwości, z mutacją IDH i kodelecją 1p/19q mają prognozy sięgające kilkunastu lat (są to guzy, które wykazują dobrą odpowiedź na chemioterapię PCV).

W przypadku guzów łagodnych rokowanie po usunięciu chirurgicznym jest dobre. Natomiast zagrożeniem dla pacjenta z guzem stopnia I lub II mogą być objawy uciskowe.